Sbírka pravěké archeologie obsahuje předměty, pocházející nálezově (až na výjimky) z území současného táborského okresu. Obsahuje nálezové jednotky, které byly převážně získány archeologickými výzkumy nebo aktivitami táborského muzea v první polovině 20. století. V roce 1971 byla sbírka rozšířena o nálezy, uložené do té doby v muzeu v Soběslavi. K dalšímu nárůstu došlo v roce 1981, kdy byly do táborského muzea  převedeny ze Sezimova Ústí předměty z tzv. Pamětní síně Josefa Švehly. Zatím poslední exempláře pocházejí z devadesátých let 20. století z archeologických výzkumů Husitského muzea, prováděných na území města Tábora.
Sbírka obsahuje předměty, datované od mladší doby kamenné po ranou dobu dějinnou.  Nejpočetnější soubory tvoří nálezy z pravěkých pohřebišť, zkoumaných např. v Drhovicích - Hájku, Rybově Lhotě, Skalici, Skrýchově, Řepči-lese Atlasu, Dražičkách ad. Reprezentativní nálezový celek pochází z kultovního místa na vrchu Burkováku u Němějic. Ze sídlištních nálezů lze jmenovat např. soubor z raně středověkého hradiště Svákov u Soběslavi. Nejrozsáhlejší část sbírky je výsledkem terénních aktivit Josefa Švehly (první třetina 20. století).

Celkem 2 176 kusů.
Současným správcem sbírky je Jiří Pražák.

Pozn.: V roce 1984 byl vydán katalog sbírky se stavem k počátku 80. let 20. století pod názvem – Krajíc, R. 1984: Muzeum husitského revolučního hnutí v Táboře. Katalog pravěké sbírky. Zprávy Čs. společnosti archeologické při Čs. akademii věd 27. Praha.

Sbírka středověké archeologie obsahuje předměty, pocházející nálezově (až na výjimky) z území současného táborského okresu z období 9. - 15. století. Obsahuje přes 200 000 nálezových jednotek a představuje tak jednu z nejpočetnějších sbírek Husitského muzea v Táboře. Díky dlouholetému odbornému záměru muzea na problematiku husitství a středověkých dějin jsou hmotné artefakty z tohoto období získávány průběžně, a tak má sbírka středověké archeologie tradici více než 100 let. Mezi nejpřednější soubory patří nálezy, získané archeologickými výzkumy lokalit, spojených s husitstvím – do první poloviny 20. století to byly převážně aktivity Josefa Švehly, jež položily základ současné sbírce především nálezy ze zaniklého středověkého Sezimova Ústí, Kozího hrádku, tvrze Sedlce, ad. Výjimečný soubor ze zaniklého levobřežního předměstí Sezimova Ústí (výzkum Miroslava Richtera) získalo v osmdesátých letech 20. století Husitské muzeum převedením fondu z Archeologického ústavu AV ČR v Praze. Rozsáhlé nálezové celky představují i soubory ze zaniklých středověkých vesnic, hradů na Táborsku, měst Tábora, Soběslavi, Sezimova Ústí a Bechyně, jež jsou výsledkem archeologických výzkumů, prováděných Husitským muzeem v posledních desetiletích.

Sbírka obsahuje 230 816 kusů. Zpracováno bylo dosud 34 486 nálezů.
Současným správcem sbírky je Jiří Pražák.

Pozn.: 
Část zpracovaných nálezů byla publikována formou katalogů:
- Krajíc, R. 1997: Středověká kachlová kamna v Táboře (Archeologický výzkum v Křížkově ulici čp. 28). Tábor.
- Krajíc, R. 1998: Dům pasíře Prokopa v Táboře (Archeologický výzkum odpadní jímky v domě čp. 220). Tábor.
- Krajíc, R. 2001: Kovárna v Sezimově Ústí a analýza výrobků ze železa I.-II. Sezimovo Ústí - archeologie středověkého poddanského města 2. Praha - Sezimovo Ústí - Tábor.

Sbírka obsahuje kosti a kostěné artefakty z archeologických výzkumů.

Celkem 1 166 kusů.
Současným správcem sbírky je Jiří Pražák.