Sbírka zachycuje autografy z let 1883 – 1973 celostátního i regionálního významu. Na dopisech, pohlednicích, básních, povídkách, odborných pojednání, vysvědčeních, vizitkách, projevech a dalším písemném materiálu  jsou dochovány autografy celostátního i regionálního významu. Jsou zde podpisy vědců, spisovatelů a básníků, výtvarných umělců, politiků, právníků, profesorů, historiků, hudebních skladatelů, herců a zpěváků, atd.

Celkem 1 725 kusů.
Současným správcem sbírky je Jiří Pražák.

Jedná se o sbírku pomocnou, ve které se nacházejí buď modely zaniklých staveb, například Kozího hrádku, části středověkého opevnění, středověkých domů, statků, apod., dále kopie pravěkých (soška „kančíka“) i středověkých archeologických nálezů (zbraní, kachlů, náčiní, doplnění zemědělského, loveckého a domácího nářadí, rekonstrukce studny, apod. Převážná část předmětů této sbírky byla vyrobena pro zařízení expozice „Život a práce středověké společnosti“, instalované na Bechyňské bráně v Táboře (hrad Kotnov).

Celkem 460 kusů.
Současným správcem sbírky je Jiří Pražák.

Sbírka obsahuje listinný materiál, dokladující historické události od nejstaršího data v muzejních sbírkách se nacházející, až po začátek 20. století (různá prohlášení, nařízení, oběžníky, vysvědčení, doklady, korespondenci, tisky starých písní, apod.) Mimo jiné obsahuje též mapy, které byly použity při tvorbě Historického atlasu Tábora.

Celkem 788 kusů.
Současným správcem sbírky je Jiří Pražák.

Sbírka obsahuje obrazy, reliéfy, plastiky z 18. a 19. století, roucha, textilie a další liturgické předměty, které muzeum získalo většinou z táborských kostelů a kláštera. Cenným předmětem je cínová křtitelnice z konce 15. století, která byla silně poničena požárem, ale po zrestaurování v roce 1995 je vystavena v expozici Husité na Žižkově náměstí čp. 1.

Celkem 180 kusů.
Současným správcem sbírky je Jiří Pražák.

Kolekce kamenných prvků architektury, nalezených ve městě a okolí. Obsahuje artefakty od 13. do 20. století, jako například články ostění, sloupů, kamenná závaží, dělové koule, ukázky dláždění a některé odstraněné pamětní desky s textem.

Celkem 94 kusů.
Současným správcem sbírky je Petr Brátka.

Velmi rozsáhlá sbírka, zabývající se lety 1848 - 1939, včetně dokumentů k  I. světové válce, legionářům a dění kolem nich. Dále obsahuje rozsáhlou dokumentaci k táborským hostincům (jak vznikaly), k lesnímu areálu „Pintovka" i táborskému okolí. Jsou zde zastoupeny mapy, vyhlášky, oběžníky, osobní doklady nejen legionářů, velké množství dopisnic psaných vojáky z fronty, vojenské doklady, časopisy, noviny, korespondence. Ale i prapory různých spolků, dokumentace i stejnokroj Sokolů či Národní gardy - ozbrojené jednoty. Nedílnou součástí je pozůstalost Teofila Millera, českého vystěhovalce, který byl posledním starostou v polském Zelově a do vlasti se vrátil až po 2. světové válce.

Celkem 8 419 kusů.
Současným správcem sbírky je Jiří Pražák.

Sbírka vnikla nově po 17. listopadu 1989. Obsahuje listinný materiál, tj. plakáty, letáky a doklady týkající se „sametové revoluce“, voleb v roce 1990 a různé noviny, brožury, plakáty, samolepky a další listinný materiál z roku 1992, kdy se poprvé v Táboře konal festival „Táborská setkání“, kterého se zúčastnili zástupci měst, církví, spolků i jednotlivců se jménem Tabor z celého světa.

Celkem cca 700 kusů. Sbírka není zatím zpracována.
Současným správcem sbírky je PhDr. Stanislav Zita.

Sbírka dokladuje historické události z let 1939 - 9. 5. 1945 nejen trojrozměrnými předměty (odbojářská přijímačka, předměty z koncentračních táborů), tak převážně listinnými dokumenty, tj.  různými vyhláškami, nařízeními, oběžníky, fotografiemi  a dalším materiálem.

Celkem 2 719 kusů.
Současným správcem sbírky je Jiří Pražák.

Sbírka obsahuje materiál, který zachycuje období od 10. 5. 1945 do 16. 11. 1989. Vedle rozsáhlých dokumentů, týkajících se zejména osvobození naší vlasti (listinný materiál, fotodokumentace), dokladů socialistického vývoje podniků, složek NF, svazů (plakáty, letáky, brožury, doklady, korespondence), nechybí ani řada trojrozměrných předmětů, zastupujících zejména ukázky výrobků regionálních podniků (Dita Tábor, Pal Tábor, Kovosvit Sezimovo Ústí, Silon Sezimovo Ústí, Masokombinát Planá nad Lužnicí, Lada Soběslav, atd.)

Celkem 5 873 kusů. Zpracováno 3 589 kusů.
Současným správcem sbírky je PhDr. Stanislav Zita.

Sbírka, která svým charakterem nemá možná v ostatních muzeích obdoby. Obsahuje opravdu vše od rozměrných předmětů, jako je například zemědělský vůz „žebřiňák“ až po drobnou jehlu. Jsou zde zastoupeny jak trojrozměrné předměty, tak listinný materiál.

Sbírka je členěna do několika podskupin, například: předměty domácí potřeby. Zde je nábytek z konce 17. až počátku 20. století, většinou měšťanského charakteru, bytové doplňky užitkové i dekorativní (textil, zrcadla, hodiny, osvětlovací tělesa, atd.), veškeré předměty požívané v domácnosti (nádobí skleněné, porcelánové, keramické či cínové, mlýnky, atd.), ale i novodobější předměty (šicí stroje, pračka, rádia, televize).

Další podskupinu tvoří řemesla a obchody. Zastoupeny jsou různé cechy (truhly, ferule, zakládající listiny), z výrobních dílen zde mají své nástroje a nářadí truhláři, bednáři, kováři, krejčí, ševci, provazníci, pekaři (porcovač rohlíků), cukráři (zmrzlinářská kára), knihtiskaři. Z obchodů je zde kompletní vybavení Konzumu i s vývěsním štítem, (zásobnice sypkého zboží, pokladna, váhy, řada reklamních cedulí), lékárna, galanterie, drogerie.

Podskupina obrazů a plastik obsahuje olejomalby s portréty různých občanů a náboženské obrázky a plastiky používané v domácnostech. Nechybí ani řada kreseb, všeho možného druhu.

V podskupině tisků jsou knihy, náboženské, naučné a školní učebnice a řada různého listinného materiálu (náboženské písně, plakáty a pozvánky na výstavy a přednášky různých spolků, atd.)

Podskupina textilií obsahuje též mnoho různorodých předmětů: bytového textilu, oděvů a jejich součásti.

Nejrozsáhlejší je podskupina listinného materiálu (50 kartonů), ve které se nachází nejbohatší sortiment všech možných dokladů, osobních i úředních, různorodá korespondence, různé rukopisy, fotografie, atd.)

Ani tímto obsáhlým seznamem není výčet všech druhů a předmětů v této sbírce  zdaleka vyčerpán.

Exponáty z této sbírky a sbírky Národopisu je vybaven i skanzen kovárny v Záluží u Vlastiboře na Soběslavsku.

Celkem 15 806 kusů.
Současným správcem sbírky je Jiří Pražák.

Sbírka zahrnuje jak zbraně palné, tj. pušky lovecké, vojenské, pistole od 18. století až po zbraně používané ve 2. světové válce, naší i cizí výroby,  modely těžkých husitských palných zbraní, např. děla, tarasnice, houfnice, husitské píšťaly, tak zbraně chladné, převážně makety husitských zbraní, jako jsou sudlice, řemdihy, halapartny, sekery, háky, kopí, apod., dále  zbraně sečné, tj. meče, kordy, šavle, tesáky, vojenské bodáky, včetně kopie popravčího meče z 15. století. Nechybí též uniformy a jejich součásti z doby I. republiky až po 80. léta 20. století. Doplňkem jsou i další předměty vojenské výstroje, např. plynová maska, pouzdro na náboje, atd.

Celkem 1 524 kusů.
Současným správcem sbírky je Jiří Pražák.