Botanickou sbírku tvoří především herbářové položky cévnatých rostlin, jen malou měrou jsou v herbáři zastoupeny mechorosty. Dále sbírka obsahuje vzorky dřev, několik kusů šišek a plodů a také kolekci hálek vyskytujících se na jednotlivých druzích rostlin. Většina sběrů pochází z území Čech, zvláště z Táborska, Třeboňska, Podkrkonoší a Krkonoš.

Základem sbírky byly herbářové položky A. Z. Hnízda a B. Vopravila. Bedřich Vopravil (1887 – 1962) v muzeu uložil dokumentaci ke svému rukopisnému zpracování květeny Soběslavska. Herbář Antonína Zbyška Hnízda (1906 – 1973) obsahuje kromě sběrů z Táborska, jehož přírodou se zabýval většinu života, také řadu položek z Krkonoš a Podkrkonoší, kde Hnízdo působil ve 20. a 30. letech 20. století.

Nejrozsáhlejší částí herbáře je kolekce Jaroslava Kaislera (1913 – 1995) – obsahuje převážně sběry z území okresu Tábor z 50. – 90. let 20. století (zvláště z let 1987 – 1994). Z dalších sběratelů lze jmenovat především Antonína Weidmanna (1850 – 1915, sběry z Třeboňska), Rudolfa Kurku (1915 – 2000, sběry z Třeboňska) a Danu Hradeckou (převážně sběry z okresu Tábor). Sbírku hálek sestavil entomolog Jan Máca.

Herbářová sbírka má přidělený mezinárodní akronym SOB a je uvedena v českém i celosvětovém seznamu herbářových sbírek (Index herbariorum).

Kurátorem sbírky je RNDr. Daniel Abazid.

Jádrem mykologické sbírky jsou položky hub (zvláště nelupenatých – Aphyllophorales s.l. a břichatek – Gasteromycetes) a lišejníků, které muzeu daroval soběslavský rodák a významný český mykolog Rudolf Veselý (1884 – 1966), nemnoho dalších sběrů pochází od muzejní botaničky Dany Hradecké. Většina položek byla sebrána na území České republiky, zvláště na Soběslavsku a v okolí Prahy. Součástí sbírky jsou také velmi zdařilé modely hub, které vytvořil preparátor Josef Balatý (1893 – 1970) – v současnosti jsou využívané zvláště při houbařských výstavách. Mykologická sbírka je součástí herbářové sbírky s mezinárodním akronymem SOB.

Kurátorem sbírky je RNDr. Daniel Abazid.

Sbírku bezobratlých tvoří více než 40 000 exemplářů členovců (převážně zástupců hmyzu), řádově desítky kusů čítá kolekce měkkýšů. Hlavní část materiálu pochází ze sběrů z okresu Tábor a dalších oblastí jižních Čech. Malá část sbírky (především jde o brouky – Coleoptera a motýly – Lepidoptera) pochází z různých částí světa.

Nejstarší doklady jsou z dvacátých let 20. století, převážná část sbírky pochází z let 1940 – 1985. Významný podíl na tvorbě sbírky má Jan Máca, který v době svého působení v muzeu (1969 – 1985) realizoval řadu nákupů od regionálních badatelů (J. Balatý, V. Dvořák, J. Flíček, A. Z. Hnízdo, A. Jungmann, V. Karas, Z. Karas, J. Niedl a dalších) a současně vlastním sběrem doplňoval a rozšiřoval kolekce jednotlivých hmyzích řádů (zvláštní pozornost pak věnoval řádu dvoukřídlí – Diptera).

Kurátorem sbírky je RNDr. Petr Zbytovský.

Ze sbírky obratlovců tvoří nejpočetnější kolekce ptáci, savci a ryby, zastoupeni jsou však také kruhoústí, obojživelníci a plazi. Ve sbírce jsou preparáty dermoplastické, osteologické a kapalinové, její součástí je rovněž kolekce vajec ptáků. Většina sbírkových předmětů pochází z území jižních Čech, především z Táborska a Třeboňska, část sbírky lebek drobných savců je z materiálu získaného na území Českomoravské vrchoviny a jihozápadní Moravy.

Nejstarší sbírkové předměty jsou z počátku 20. století. Většina dermoplastických preparátů pochází z let 1940 – 1970, významný podíl na jejich tvorbě měl preparátor Josef Balatý (1893 – 1970). Po roce 1970 je sbírka obratlovců doplňována především balky a lebkami drobných savců. Značná část sbírky je veřejnosti prezentována ve stálé expozici Příroda Táborska.

Kurátorem sbírky je RNDr. Petr Zbytovský.

Sbírku tvoří především vzorky mineralogické a petrologické, kromě nich obsahuje také menší kolekci vltavínů, několik zkamenělin a krápníky z oblasti Pacovy hory. Zhruba polovina materiálu pochází z Táborska, zbylá část z dalších oblastí České republiky a ze zahraničí.

Kromě starších muzejních sbírek ji tvoří předměty získané několika nákupy a dary v letech 1964 – 1970. Nejvýznamnější z nich je mineralogická kolekce Antonína Zbyška Hnízda (1906 – 1973), která ve své době patřila k nejlepším soukromým sbírkám jižních Čech. Dalšími sběrateli, kteří se na sbírce podíleli, byli P. Rajlich, M. Novák, V. Čech a M. Maňourová.

Kurátorem sbírky je RNDr. Petr Zbytovský.